Mikor r�j�n, hogy �tverte �s kihaszn�lta �t Giovanni, visszat�r a szigetre, �s  �jj� �p�ti a laborat�riumot. Elhat�rozza, hogy � lesz a vil�g ura �s megteremt egy olyan fajt, ami er�sebb a t�bbin�l; a Pok�mon kl��nokat.  Egy csapat tan�t�t a sziget�re csal, hogy Lekl��nozza a pok�monjaikat. Ek�zben puszt�t� vihart kavar, hogy elt�r�lje a f�ldsz�n�r�l az embereket. De ekkor megjelenik Mew. �d�z harc kezd�dik, hogy eld�lj�n a kl��nok vagy az eredetiek a jobbak. Az ifj� Pok�mon tan�t�, Ash Ketchum a harcol�k k�z� veti mag�t, hogy v�get vessen a csat�nak. Mew �s Mewtwo t�mad�sa egyszerre tal�lja el �t. K�v� dermed, �s a Pok�monok abbahagyj�k a harcot. Minden Pok�mon s�rni kezd, �s a legend�s Pok�mon k�nnyek �jra �lesztik Asht. Mewtwo l�tta, hogy az ember k�pes volt bar�tai�rt fel�ldozni mag�t. Ez�rt a Pok�mon kl��nokkal Elbujdosott, hogy ne zavarj�k meg a term�szet rendj�t. Ash �s bar�tai eml�kezet�b�l kit�r�lte a t�rt�nteket, �s egy olyan helyre k�lt�z�tt, ahol a sz�ve megtanulhatja azt, amit az emberek �s a Pok�monok m�r tudnak.

A film folytat�sa, a Mewtwo visszat�r.